Blue-Bot peut être programmé directement en appuyant sur ses boutons de commande. La séquence de déplacements est programmée par appuis successifs sur les boutons, puis le programme est exécuté par appui sur le bouton GO.

Un appui sur le bouton "Avancer" ou "Reculer" entraînera un déplacement de 15cm de Blue-Bot. Un appui sur le bouton "Tourner 90° vers la gauche/droite" entraînera un pivotement sur lui-même de Blue-Bot.

Il peut également être programmé grâce à sa barre de programmation. La séquence de déplacements est matérialisée par les cartes d'instructions. Une liaison Bluetooth assure la communication entre la barre de programmation et Blue-Bot.

Il peut enfin être programmé depuis une tablette (application compatible Android et iOS) ou un ordinateur (logiciel compatible Windows et MacOS). La communication est également assurée en Bluetooth. La programmation logicielle permet d'effectuer, en plus des déplacements habituels, des rotations à 45°, et d'aborder la notion de boucle.